GKI Gejayan lahir dari persekutuan wilayah GKI Ngupasan yang meliputi daerah Yogyakarta bagian Utara-Timur.  Tanggal 13 Januari 1993 dijadikan Pos PI Gejayan, kemudian ditingkatkan menjadi Bajem Gejayan pada tanggal 3 November 1996. Kebaktian Pelembagaan yang menandai hadirnya Jemaat GKI Gejayan dilakukan pada tanggal 3 Maret 2000.

Keunikan GKI Gejayan bahwa mayoritas anggota Jemaat, khususnya pengunjung kebaktian, adalah kaum muda (mahasiswa), dan setiap kali kebaktian selalu dipenuhi oleh para tamu/simpatisan. Heterogenitas etnis dan latar belakang warganya, menjadikan GKI Gejayan makin unik, hampir seluruh suku di Indonesia ada di GKI Gejayan.

Yang akan menyapa kita dalam SG-GKI hari Jumat, 17 April 2026 adalah pendeta paling cantik di antara pendeta-pendeta GKI Gejayan, yaitu Pdt. Ratna Indah Widhiastuty. (ya iya lah… wong dua orang pendeta yang lain cowok). Ratna yang adalah alumnus Fak Teologi UKDW (2001), menjalani proses kependetaan sesuai Tager GKI di Jemaat GKI Gejayan. Ia ditahbiskan ke dalam jabatan pendeta GKI dengan basis pelayanan GKI Gejayan  pada tanggal 3 Maret 2009. Pendeta Ratna yang sampai sekarang masih tetap melayani di GKI Gejayan, berkesempatan menempuh studi S2 di Fak Teologi UKDW (2020). 

Mari sambut sapaan Pdt. Ratna Indah Widhiastuty dari GKI Gejayan dalam SG-GKI hari Jumat, 17 April 2026. (Pengantar disunting dan dituturkan oleh Ronny N, video diedit dan diunggah oleh Sdr. Sigit dari kantor Sinode GKI)