GKI D.I. Panjaitan, Purwokerto semula adalah Gereja Imanuel Purwokerto (GIP).  Gereja ini didirikan oleh sekelompok keluarga besar Liem yang diprakarsai oleh Almarhum Bpk. Sumitro Rahardjo (Liem Soey Bing), yang semula a dalah anggota jemaat GKI Purwokerto (kini GKI Gatot Subroto, Purwokerto) karena merasa ada perbedaan dari segi pengajaran. 

Keberadaannya sebagai gereja sepertinya ditandai dengan pengangkatan Bpk. Daniel Setiabudhi (Liem Soey King) sebagai pendeta GPI pada tanggal 12 November 1961. Dalam perkembangan kemudian sebenarnya untuk berbagai hal, termasuk pengajaran, GIP jadi tidak jauh berbeda dengan GKI Jateng. Maka pada bulan November 1985 GIP mengajukan permohonan untuk bergabung dengan GKI Jateng. Namun, permohonan ini belum dapat disetujui. Pada tanggal 30 Januari 1989, untuk kedua kalinya Majelis Jemaat GIP mengajukan permohonan penggabungan kepada BPMK GKI Jateng Klasis Purwokerto agar bisa diterima menjadi anggota GKI Jateng. Kali ini permohonan penggabungan tersebut mendapat tanggapan yang baik, sehingga tanggal 16 April 1989, BPMK GKI Jateng Klasis Purwokerto mengadakan Perlawatan Khusus kepada Majelis Jemaat GIP. Dalam Persidangan VI Majelis Klasis GKI Jateng Klasis Purwokerto tanggal 2-4 April 1990, disepakati bahwa GIP dapat diterima menjadi calon jemaat GKI Jateng. Dalam persidangan tersebut ditunjuk Majelis Jemaat GKI Sokaraja untuk melakukan pembinaan dan bimbingan. Berkat pimpinan Tuhan, pada Persidangan IX Majelis Klasis GKI Jateng Klasis Purwokerto tanggal 2-5 April 1991 GIP diterima menjadi Jemaat Sinode GKI Jateng dengan nama Gereja Kristen Indonesia D. I. Panjaitan, Purwokerto.  Kebaktian Penerimaan GIP menjadi GKI D. I. Panjaitan, Purwokerto diadakan pada tanggal 4 Juli 1991. 

Dalam perjalanannya, pengunjung kebaktian umum hari Minggu mengalami pasang surut. Tingkat kehadiran terendah pernah tercatat rata-rata 75 orang.  Namun, saat ini jumlahnya sudah mengalami peningkatan. Salah satu keunikan Jemaat GKI D.I. Panjaitan adalah iklim kekeluargaan yang cukup kental. Iklim kekeluargaan ini membuat suasana berjemaat menjadi hangat, dan menyenangkan. Pdt Yefta Setiawan Krisgunadi, S.Th adalah pendeta Jemaat pertama GKI D.I. Panjaitan yang kemudian mutasi ke GKI Salatiga. Pdt. Edward Raymond Setiawan, S. Si. Teol yang akan menemani kita dalam SG-GKI Senin 11 November 2024 adalah pendeta Jemaat kedua yang sampai saat ini melayani di GKI D.I. Panjaitan. Alumnus Fak. Teol  UKDW – Yogyakarta ini pada tanggal 25 Juli 2017 ditahbiskan sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan Jemaat GKI D.I. Panjaitan, Purwokerto.

(Pengantar dari catatan terdahulu yg disunting oleh Ronny N., video diedit dan diunggah oleh sdr.Sigit dr kantor Sinode GKI)